Profil badawczy Katedry stanowią: biologia, ekologia i ochrona ekosystemów wodnych i torfowiskowych. W ramach tej specjalizacji uprawiane są następujące kierunki badawcze:

• Ekologiczne aspekty nasilającej się antropopresji
  w ekosystemach wodnych i torfowiskowych (eutrofizacja, ocieplanie klimatu).


• Biologia i ekologia bakterii, pierwotniaków, glonów, sinic, makrofitów, zooplanktonu, zoobentosu, pleustonu, neustonu oraz ryb.


• Różnorodność biologiczna i monitoring jakości wód.


• Biomanipulacja, rekultywacja ekosystemów wodnych i torfowiskowych.


• Biologia i ekologia gatunków inwazyjnych.


• Gospodarka rybacka.